Aus zahllosen archäologischen Funden, ergänzt durch spärliche literarische Quellen, lässt sich ein Bild des frühbyzantinischen Zypern entwerfen, das ein dicht besiedeltes Land mit florierendem Handel und ertragreicher Landwirtschaft zeigt. Freilich gibt es auch eine Vielzahl von Indizien dafür, dass diese Entwicklung zu einem abrupten Ende kam, als die Insel ins Visier der Araber geriet, eine Serie von blutigen Überfällen und verheerenden Raubzügen, beginnend im Jahre 649, über die Insel hereinbrach. Die besonders betroffenen Küstenorte leerten sich, die wirtschaftlichen Aktivitäten gingen dramatisch zurück, zeitweise wurde nur noch für den Eigenbedarf produziert. Die allgemeine politische Instabilität jener Epoche legte sich lähmend über das Land. Nach dem ersten arabischen Angriff folgte schon 653 der nächste. Weitere verwüsteten die Insel in den Jahren 726, 743, 747, 773, 790 und besonders viel Leid und Zerstörung brachten die Überfälle in den Jahren 806 und 911.

Auch die Basilika Agía Triás und die benachbarten Siedlungen blieben nicht verschont. Welche Ausmaße die Zerstörungsorgie annahm, lässt sich noch heute angesichts der Ruinenstätte am Ortsrand von Sipahi annähernd nachvollziehen. Die gegen Ende des 5. Jahrhunderts erbaute Kirche erreichte eine Lebensdauer von gerade einmal eineinhalb Jahrhunderten. Einige Jahrzehnte nach dem Untergang versuchte man eine Neunutzung. Dazu entstanden in den Ruinen armselige Behausungen und der Korridor an der Südseite der Basilika, der eigentlich die Verbindung zur Taufkapelle herstellte, verwandelte sich in eine kleine provisorische Kirche. Teile des Atriums wurden zu Wohn- und Werkstätten von Schmieden. Gegen Ende des 8. Jahrhunderts wurde die Siedlung endgültig aufgegeben.

Die Basilika

Die Überreste des frühbyzantinischen Gotteshauses wurden 1964/66 vom Department of Antiquities of Cyprus unter der Leitung von A. Papageorghiou freigelegt. Man stieß auf die Umrisse einer dreischiffigen Basilika mit Narthex und Atrium und man fand die Spuren einer kleinen Kapelle mit Apsis, wo sich die Taufkandidaten versammelten. Außerdem wurde ein separat errichtetes Baptisterium an der Südostseite der Basilika ausgegraben. Einschließlich Hauptapsis messen die Fundamente der Kirche 20 m in der Länge und 14 m in der Breite. Sie zählte also nicht zu den großen Gotteshäusern der frühbyzantinischen Zeit wie etwa das in Soloi oder die beiden in Salamis (Epiphanios-Basilika, 58 x 42 m und Kampanopetra mit gar 152 x 38 m, allerdings einschließlich Atrien und Narthex).
Eine hölzerne Dachkonstruktion, gedeckt mit Ziegeln, bedeckte den Bau. Wie üblich bei Basiliken lag das Hauptschiffdach höher als das der Seitenschiffe, besaß also einen sog. Lichtgaden, eine von Fenstern durchbrochene Wand. Zwei Reihen von je fünf Säulen trennten das Hauptschiff von den beiden Seitenschiffen. Die Säulen und ihre Basen waren aus Sandstein, die Kapitelle eines spätkorinthischen Typs aus Kalkstein. Ein um 30 cm höher gelegter Abschnitt im östlichen Hauptschiff markierte den Altarbereich. Westlich schloss sich der Narthex oder Vorhalle, ein länglicher Raum von 14 x 4 m, an und daran ein offener Hof (Atrium), der an seinen drei Seiten von Säulenhallen umstanden war. Durch den westlichen Porticus (Säulenhalle) erreichte man den Haupteingang der Basilika.
Das separat liegende Baptisterium (Taufkapelle) zeigt einen großen reckteckigen, (einst) säulenumstandenen Raum, an den weitere, für das Taufzeremoniell benötigte Räume grenzen. Einer diente als Umkleideraum, von dem aus der Täufling die Marmorstufen zum kreuzförmigen Taufbecken hinabstieg.

Die Bodenmosaiken

Sie sind das eigentlich Besondere an der Kirchenruine von Sipahi. Wind und Wetter ausgesetzt, trotzen sie in ihrer Farbkraft und ihrer Formenvielfalt der Vergänglichkeit. Forderungen nach einer Überdachung des großflächigen Bodendekors blieben bislang ohne Antwort. Ebenso wenig geklärt ist freilich, ob eine derartige Lösung in diesem Fall angebracht wäre.

Die Mosaizisten (vermutlich Einheimische) arbeiteten in Agía Triás mit Steinchen in den Farben Rot, Rosa, Orange, Ocker, Grün, Blau, Grau, Schwarz und Weiß. Hin und wieder wurden auch gelbe und grüne Glastesserae verwendet. Neben formenreichen geometrischen Mustern wie Rhomben, Quadraten, Kreuzen, Kreisen, Wellenlinien, überrascht das Hauptschiff mit zwei in Mosaiktechnik erstellten Inschriften, die rühmend einen Handwerker und die Stifter beim Namen nennen. Die eine, vor der Hauptapsis, lautet: "Der Diakon Heraklios hat gebetet und das Mosaik des zentralen Teils gemacht". Die andere, nahe dem westlichen Eingang zum Hauptschiff, heißt: "Aetis, Euthalis, Eutychianos haben ein Gelübde abgelegt und es erfüllt."
Im nördlichen Seitenschiff erkennt man auf fünf Feldern u.a. Rechtecke mit Granatapfelmotiven, Kreise, Efeublätter und die berühmten Sandalen. "Reich dekoriert wie ein Orientteppich" sei das südliche Seitenschiff, meinte eine Besucherin und tatsächlich schwelgt das Dekor in Rhomben, Quadraten, Rechtecken, in die Kreuze, Vierblätter, Granatäpfel, stilisierte Blumen, Seile, Knoten eingelegt sind. Die Mosaiken im Narthex verteilen sich auf fünf Felder, von denen das mittlere einen großen Kreis zeigt, der gefüllt ist mit Rhomben und Dreiecken. Letztere umrahmen Kandelaber von außergewöhnlicher Form.

Auch der Raum für die Taufkandidaten, der sich südlich an den Narthex anschließt, erhielt dekorativen Bodenschmuck. Hier sind es Kreise, die Quadrate oder Rechtecke mit Vierblättern umgrenzen. Als Farben dominieren ein tiefes Blau und Rot. Und selbst der westlich davon gelegene Vorhof am Südeingang der Basilika zeigt Mosaiken wie Efeublätter und Seile, die sich zu Meandermustern verschlingen.